"Return of the Sinister Six" jest typowym przedstawicielem przewijanej platformówki z domieszką akcji. Na przygotowanych przez twórców sześciu poziomach walczymy z przeciwnikami i przechodzimy do końca planszy, gdzie czeka walka z jednym z członków Sinister Six. Wachlarz ruchów bohatera opiewa się na cios pięścią, wykop z nogi, wspinanie po ścianach oraz huśtanie na pajęczynach.

Fabuła gry skupia wokół doktora Octopusa, który chce przejąć władzę nad światem. Aby tego dokonać formuje grupę Sinister Six, w skład której wchodzi tytułowa szóstka złoczyńców: Electro, Sandman, Mysterio, Vulture, Hobgoblin i Octopus. Spider-Man musi ich powstrzymać.